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Certifique-se de eliminar do seu diretório public_html qualquer elemento que possa gerar conflitos com o WHMCS.

Faça login no painel de administração e altere a URL do sistema para http://www.yourdomain.com/directory/ (http://www.yourdomain.com/ para root) em configuração > configurações gerais > geral > localização do sistema

Logo em seguida, mova os seus arquivos de dentro de sua pasta para o diretório de sua escolha (o Gerenciador de Arquivos no cPanel facilita isso). 

Emita novamente seu WHMCS e digite o novo código de licença quando for solicitado ao acessar seu painel de administração.

Por fim, exclua e adicione novamente quaisquer trabalhos Cron relacionados ao WHMCS que você esteja executando. A maioria dos usuários terá a configuração cron de automação WHMCS (configuração > configurações de automação). Geralmente, também há um trabalho cron para registradores de domínio.

Para atualizar a URL, é necessário modificar apenas o value:

UPDATE `tblconfiguration` SET value='http://www.novaurle.com/novodiretório/' WHERE setting='SystemURL';

UPDATE `tblconfiguration` SET value='http://www.novaurle.com/novodiretório/' WHERE setting='SystemSSLURL';

Para localizar o nome do Banco de Dados é necessário seguir com o seguinte comando:

root@vps [/home/negri/public_html]# find . -iname "*.php" | xargs grep "nomeconta_"
./painel/clientes/configuration.php:$db_username = 'nomeconta_whmc974';
./painel/clientes/configuration.php:$db_name = 'nomeconta_whmc974';find . -iname "*.php" | xargs grep "nomeconta_

Para acessar esse banco de dados, realize o comando:

mysql> use nomeconta_whmc974;
Database changed

Logo após, é só atualizar a URL. Lembre-se de modificar apenas o value.

UPDATE `tblconfiguration` SET value='http://www.novaurle.com/novodiretório/' WHERE setting='SystemURL';

UPDATE `tblconfiguration` SET value='http://www.novaurle.com/novodiretório/' WHERE setting='SystemSSLURL';